Réforme de la facturation électronique et de la TVA des OPCO : ce qui change pour les entreprises
À la rentrée 2026, deux réformes majeures transforment les pratiques administratives et financières des entreprises en matière de formation professionnelle : la généralisation progressive de la facturation électronique et la modification du régime de TVA applicable aux OPCO.
Bien que distinctes, ces deux évolutions interviennent sur des calendriers convergents et entraînent des changements concrets dans les relations entre entreprises, organismes de formation et OPCO Mobilités. Pour les entreprises adhérentes de l’UTPF, le principal changement à anticiper est le suivant : dans plusieurs cas, l’entreprise devra désormais payer directement l’organisme de formation, avant de solliciter auprès d’OPCO Mobilités le remboursement des dépenses éligibles.
Vous trouverez ci-après les principales évolutions à connaître et les démarches à anticiper.
Deux réformes différentes, deux échéances à retenir
1er septembre 2026 : entrée en vigueur de la facturation électronique
À compter du 1er septembre 2026, toutes les entreprises assujetties à la TVA devront être en capacité de recevoir des factures électroniques.
À cette même date :
- Les grandes entreprises et les ETI devront également émettre leurs factures sous format électronique ;
- Les PME et microentreprises seront concernées par l’obligation d’émission à compter du 1er septembre 2027.
1er octobre 2026 : évolution du régime de TVA des OPCO
En parallèle, les OPCO deviennent assujettis à la TVA sur certaines de leurs activités.
Cette évolution modifie notamment leurs conditions de récupération de la TVA et, par conséquent, certaines modalités de prise en charge et de paiement des dépenses de formation.
La nouvelle organisation entre pleinement en vigueur le 1er octobre 2026.
Dès le 1er septembre : plus de facture adressée à OPCO Mobilités pour les dossiers non subrogés
À compter du 1er septembre, l’entreprise ne devra plus émettre de facture à destination d’OPCO Mobilités pour obtenir son remboursement. Elle devra effectuer directement une demande de remboursement dans M-Gestion, correspondant aux dépenses éligibles prises en charge : coûts pédagogiques, salaires, hébergement, transport ou restauration. La demande sera effectuée sans TVA, dans la limite du montant prévu par l’accord de prise en charge.
À retenir : Pour les dossiers déjà traités en subrogation de paiement, aucune modification particulière n’intervient au 1er septembre.
À compter du 1er octobre : fin de la subrogation pour plusieurs dispositifs
La subrogation de paiement, qui permet aujourd’hui à OPCO Mobilités de régler directement l’organisme de formation à la place de l’entreprise, ne sera plus possible à compter du 1er octobre 2026, quelle que soit la taille de l’entreprise, pour les contrats de professionnalisation, les périodes de reconversion et les actions de formation faisant l’objet d’un multi-financement.
Concrètement, pour ces dossiers :
- L’organisme de formation facture l’entreprise
- L’entreprise règle directement la facture de l’organisme de formation
- L’entreprise dépose ensuite dans M-Gestion sa demande de remboursement auprès d’OPCO Mobilités
- OPCO Mobilités rembourse l’entreprise dans la limite de l’accord de prise en charge
Ce changement a donc une conséquence importante : l’entreprise devra avancer le coût de la formation avant d’être remboursée par l’OPCO.
Des exceptions à connaître
Toutes les formations ne sont pas concernées par la suppression de la subrogation.
- Les contrats d’apprentissage ne sont pas concernés par cette évolution. Les CFA continueront donc à facturer directement OPCO Mobilités selon les modalités actuellement prévues.
- Le plan de développement des compétences des entreprises de moins de 50 salariés. La subrogation pourra également être maintenue pour les actions de formation des entreprises de moins de 50 salariés, financées exclusivement au titre du plan de développement des compétences, lorsque l’entreprise en fait la demande.
Quelle date détermine l'application des nouvelles règles ?
Ce n’est pas la date de réalisation de la formation qui détermine l’application des nouvelles règles, mais la date d’accord de prise en charge du dossier par OPCO Mobilités. Un dossier de formation se déroulant après le 1er octobre pourra donc continuer à relever des anciennes modalités s’il a été accordé avant cette date, selon les conditions définies par OPCO Mobilités.
A retenir : OPCO Mobilités recommande aux entreprises souhaitant bénéficier des modalités actuelles de subrogation de transmettre leurs demandes de prise en charge conformes et complètes avant le 15 septembre 2026, pour permettre le traitement des dossiers avant la bascule du 1er octobre.
Les 4 points à retenir
- Dès le 1er septembre 2026 : Pour les dossiers non subrogés, l’entreprise ne facture plus OPCO Mobilités : elle transmet une demande de remboursement via M-Gestion, sans TVA
- Avant le 15 septembre 2026 : Les entreprises souhaitant conserver, lorsque cela est encore possible, les modalités actuelles de subrogation sont invitées à transmettre leurs dossiers complets à OPCO Mobilités
- À compter du 1er octobre 2026 : La subrogation disparaît pour les nouveaux dossiers accordés concernant les contrats de professionnalisation, les périodes de reconversion et les actions multi-financées. L’entreprise règle alors directement l’organisme de formation avant de demander son remboursement
- L’apprentissage reste inchangé : Les CFA continuent à facturer directement OPCO Mobilités
Pour aller plus loin : le webinaire OPCO Mobilités disponible en replay
OPCO Mobilités a consacré un webinaire à la facturation électronique et à la réforme de la TVA des OPCO, afin d’en présenter les conséquences opérationnelles pour les entreprises et de répondre aux principales questions liées aux nouvelles modalités de prise en charge.
👉 Voir l’enregistrement du webinaire OPCO Mobilités [lien à venir]
Les entreprises peuvent également consulter la page dédiée « Facturation électronique et réforme de la TVA – Entreprises » sur le site d’OPCO Mobilités pour retrouver le détail des nouvelles modalités.
